Patriarche de Constantinople (aujourd'hui Istanbul), il prend part au Concile convoqué à Ephèse en 449 par l'empereur Théodose II pour combattre l'hérésie d'Eutychès.
Porblème crucial. Ce dernier voulait imposer au sujet du Christ, le Monophysisme : négation de sa nature humaine pour n'admettre en lui que la nature divine. L'évêque Flavien fut le champion de la foi au Christ, vrai Dieu et vrai homme et, par suite, de la croyance en Marie mère de Dieu (en grec Theotokos).
Attaqué par des soldats et des moines partisans d'Eutychès, Flavien sera jeté en prison, chassé de son évêché. Il meurt peu après en exil, au sud de la Turquie, en Lydie.
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